Les Programmes Opérationnels (PO) soutiennent les organisations professionnelles (OP)/AOP via un cofinancement UE–OP pour améliorer organisation, compétitivité, qualité, commercialisation et durabilité. Les PO doivent intégrer au moins 3 mesures environnementales, 15 % de dépenses environnementales et 2 % dédiées à la recherche. Plusieurs mesures financent R&D, expérimentation, amélioration génétique ou diagnostics. Le CTIFL accompagne les OP dans protocoles, essais, diagnostics et innovation.
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