Méthodes de détection des virus et viroïdes des pomoïdées

Des pathogènes en arboriculture fruitière

Méthodes de détection des virus et viroïdes des pomoïdées
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De l'indexage biologique à la PCR en temps-réel, cet article propose un état des lieux des méthodologies utilisées en diagnostic dans l'arboriculture fruitière et les stratégies d'évolution du LVBM afin d'optimiser la fiabilité et la rapidité nécessaires à la diffusion de plants fruitiers sains.

Publié le 01/06/2020

Temps de lecture estimé : 15 minutes

État sanitaire des filières arboricoles fruitières

Pour de nombreuses filières agricoles, avec l'ouverture des échanges intra ou hors Europe, la surveillance sanitaire du territoire est un enjeu crucial. La filière arboricole n'échappe pas à ce constat : insectes, bactéries, champignons, virus, pour ne nommer qu'eux, perturbent la pérennité de certaines cultures. Les arbres fruitiers abritent un large éventail d'agents pathogènes viraux, prin­ci­pa­lement en raison de leur mode de propagation et leur nature pérenne (Maliogka et al., 2018). Les diverses infections dues aux phytovirus altèrent le rendement des récoltes, provoquant des pertes économiques considérables en arboriculture car les virus peuvent rendre les fruits impropres à la commercialisation, dus à la formation de taches, à l'apparition de pourrissement précoce, ou bien encore de malformations. La sécurisation de la production de plants fruitiers sains est primordiale, tout autant que la sécurisation des échanges de matériel végétal en dehors des frontières françaises et européennes. Les maladies de type viral sont incurables : dans les vergers, la seule solution d'éradication est l'arrachage des arbres infectés. La lutte préventive est basée sur la sélection, la multiplication par filiation, et la diffusion organisée de matériels fruitiers (greffons, semences, boutures, etc.). La filière fruitière a no­tamment anticipé l'impact nuisible des virus, viroïdes ou phytoplasmes par la mise en place de la certification fruitière dès 1962. Ce schéma de multiplication par filiation, couplé à un suivi sanitaire et une traçabilité rigoureux permet d'assurer la diffusion de matériel fruitier à forte valeur ajoutée. Le défi pour le certificateur et pour les multiplicateurs impliqués est de faire évoluer l'outil avec les techniques de multiplication, les exigences liées aux différentes espèces fruitières et les exigences de contrôle sanitaire associées aux organismes réglementés suivis.

En 2018, en France, la filière arboricole des pomoïdées (pommes et poires de table) représente 23,5 % de la surface consacrée à l'arboriculture fruitière. La France est une grande productrice de pommes avec 1,44 tonne récoltée en 2018 [source : Agreste - Statistique agricole annuelle (SAA)]. Les enjeux de la sécurisation des filières de diffusion de matériel végétal vont donc bien au-delà de systèmes présentant déjà ce type de garanties comme la certification. Le laboratoire LVBM du CTIFL a comme objectif de mettre à disposition de toute une filière des outils rapides et fiables leur permettant de sécuriser leurs cultures en offrant un gage de qualité lors d'exports de matériel fruitier.

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